Maktab Rendah Sains Mara Lenggong mula dibangunkan pada 1 Disember 1998 setelah Majlis Pecah Tanah oleh YAB Dato' Mustapha Mohamed, Menteri Pembangunan Usahawan Malaysia ketika itu. Pada tanggal 1 Disember 1998, kerja-kerja penerokaan tanah dan pembersihan tapak dimulakan. Projek MRSM ini menelan belanja sebanyak 25.4 juta dan diselenggarakan oleh Pegawai Penguasa yang telah dilantik oleh pihak MARA sendiri, iaitu TECHART Sdn. Bhd. sebagai Pengurus Projek dan AHA Architect Dasar Runding Sdn. Bhd. sebagai jurutera banggnan dan jurutera mekanikal elektrik.

Maktab yang bernilai 25.4 juta ini terdiri daripada 1 blok Pentadbiran, Akademik, Perpustakaan dan Bengkel Kemahiran Hidup, 1 blok Rumah Pengetua, 2 unit Rumah Penolong pengetua, 1 blok Rumah Guru (8 unit), 1 blok Rumah Pekerja dan 1 unit Pondok Pengawal yang mana kesemuanya terletak di atas Lot 2446, 2828, 2846, 3064 dan PT 391 di Mukim Temelong dan lot 1739, 2736, 2737 dan 2778 di Mukim Durian Pipit Daerah Hulu Perak.

Maktab ini juga dikelilingi oleh kawasan rekreasi yang popular di negeri Perak iaitu Tasik Raban, Tasik Kota Tampan dan Hutan Simpan Lata Kekabu. MRSM Lenggong pada ketika ini dikendalikan oleh seorang Pengetua, 2 orang Penolong Pengetua, 55 orang guru dan 30 orang tenaga sokongan pentadbiran di samping pembekal makanan, cucian dan Perkhidmatan keselamatan (Metro Security) Sempena pembukaannya, satu Majlis Membaca Yassin telah disempurnakan oleh Y.B Dato' Seri Mohamed Nazri bin Abdul Aziz.

Maktab yang siap sepenuhnya pada tahun 2001 ini mula mengambil kumpulan pelajarnya yang pertama pada 2 April 2001 dengan pendaftaran seramai 258 pelajar meliputi tingkatan 1 dan tingkatan 4. Bilanggannya adalah seramai 450 orang iaitu 10 kelas tingkatan 1 dan 5 kelas tingkatan 4. Kumpulan pertama pelajar MRSM Lenggong mengambil SPM adalah pada tahun 2002, manakala PMR pada tahun 2003.[1]